Della Chiesa di S. Frediano, si ha notizia in un documento dell′Arcivescovo Lotario nel 1216. La Chiesa apparteneva alla Pieve di San Casciano. Nell′alto Medioevo il toponimo Settimo individuava la località posta al settimo miglio sulla via romana che a sinistra d′Arno conduceva a Firenze, e corrispondeva all′attuale parrocchia di S. Benedetto a Settimo. In seguito la denominazione si è estesa anche a S. Frediano a Settimo.
Nel 1455 la chiesa fu eretta in propositura su istanza del prete Angelo Fanucci. L′edificio ha subito numerose modifiche nel corso dei secoli che ne hanno alterato l′aspetto medievale, tanto che nel 1844, durante la visita pastorale, l′arcivescovo Giovanni Battista Parretti poteva affermare che la chiesa era «di moderna costruzione».
Una descrizione più dettagliata, la ritroviamo in una pianta, del 1616, che mostra la chiesa a aula e a pianta rettangolare. Nel 1736 il proposto Tommaso Cortesi, fece costruire il coro. Nel 1787 furono eseguiti nuovi lavori, che alterarono completamente l′assetto dell′edificio. Il progetto fu realizzato da Giovanni Andreini, che mantenne la struttura rettangolare ad aula unica, con l′aggiunta del coro quadrangolare, ai cui lati si aprivano due stanze che conducevano in sagrestia e nel vecchio cimitero. Fu inoltre costruito un nuovo campanile a torre con coronamento a cuspide sul lato meridionale dell′edificio.
Con il passare degli anni, la chiesa ha assunto la forma a croce latina, lasciando inalterata l′aula fino al primo arco. Furono costruite due cappelle laterali e un nuovo coro. I lavori, iniziati il I agosto 1876, si conclusero il 14 novembre 1877. La cappella di destra fu intitolata all′Immacolata Concezione, mentre quella di sinistra a S. Giuseppe. La chiesa fu consacrata dall′arcivescovo Paolo Micallef due anni più tardi. Il 26 gennaio 1843 Vincenzo Maurovelli fuse tre nuove campane, consacrate il 6 maggio 1844 dall′arcivescovo Giovanni Battista Parretti durante la visita pastorale, «la prima sotto il titolo della Madonna delle Grazie, la seconda sotto il titolo di S. Frediano, la terza di S. Niccolaio».

San Frediano nacque in Irlanda nei primi anni del VI sec. dove fu educato e iniziato alla vita monastica. Ben presto decise di abbandonare la patria per intraprendere un lungo pellegrinaggio che lo portò in Toscana, dove si ritirò a vivere da eremita nei dintorni di Lucca.
La sua fama si diffuse rapidamente, al punto che la popolazione e il clero lucchese lo scelsero come vescovo. Anche in questo ruolo si distinse per le doti morali e civili; radunò intorno a sé una comunità di religiosi presso la Chiesa di S. Vincenzo, primo nucleo di quei Canonici di S. Frediano che nel secolo XII papa Pasquale II chiamò a Roma, in Laterano.
Per quel che riguarda l′attività svolta da San Frediano come vescovo, gli vengono attribuiti la costruzione o il restauro di un gran numero di chiese: 28 Pievi, tanti quanti furono gli anni in cui resse le sorti della Chiesa lucchese. Dieci anni dopo la sua elezione a Vescovo di Lucca, la città ed il territorio lucchese venivano occupati dai longobardi (570-584) e allora la maggiore preoccupazione del Santo Vescovo fu quella di favorire la conversione dei barbari ed il loro inserimento nella vita religiosa della Chiesa.
Fra le sue opere quella che ha lasciato maggior traccia nella memoria del popolo lucchese è senza dubbio la miracolosa deviazione del fiume Auser. L′intervento di S. Frediano riguardava il ramo del Serchio che scorreva presso le mura della città e che danneggiava le coltivazioni. Le inondazioni avvenivano con frequenza e i disperati tentativi di deviare il fiume in altre zone erano sempre falliti: fu allora che i lucchesi chiesero aiuto al loro vescovo. San Frediano si recò in un punto del fiume dove maggiore era la confluenza delle acque, tracciando con il rastrello un solco per terra per indicare il nuovo percorso, fermandosi poi a poco meno di due miglia dalla città. In esso il fiume si riversò improvvisamente seguendo esattamente il tracciato fatto dal Santo sulla terra. Il fiume da quel momento non recò più danno alle coltivazioni e il rastrello, serve ad indicare in San Frediano l′uomo di Dio. Morì intorno alla fine del VI sec. il 18 Marzo e fu sepolto nella chiesa di S. Vincenzo.